長時期以來，行政機關在實施行政許可中存在的一個主要問題，就是違法實施行政許可，搞暗箱操作，有些行政機關甚至把行政許可作為權力尋租的一種手段，人為地造成個人或者組織在行政許可中的不公平競爭。一些企業(yè)和個人為了取得行政許可，還要托關系、給好處，助長了行政許可中腐敗現(xiàn)象的蔓延。在一定意義上，可以說行政許可已經(jīng)成為一個腐敗源。行政許可實施中之所以存在腐敗現(xiàn)象，從內在原因上看，就是行政機關實施行政許可，只有權力，沒有責任，行政許可在一些行政機關及其工作人員心里，只是權力許可，沒有成為責任許可。從外在原因上看，就是缺乏一套對行政許可實施機關的健全、完善和有效監(jiān)督機制。
對行政機關實施行政許可進行監(jiān)督，主要有以下幾種方式：一是權力機關實施監(jiān)督。但是，權力機關對行政機關實施行政許可的行為不適宜進行經(jīng)常性的、具體性的監(jiān)督檢查，否則就有干預行政權力的行使之嫌。二是人民法院的監(jiān)督。但是，人民法院對行政機關實施行政許可的監(jiān)督，也只能限于對具體訴訟案件的監(jiān)督，而不適宜進行經(jīng)常性的具體性的監(jiān)督。三是平行的行政機關相互之間的監(jiān)督，但平行的行政機關相互之間的監(jiān)督，范圍比較有限，約束力也不夠強。四是群眾和當事人的監(jiān)督。但群眾和當事人監(jiān)督對行政機關的約束力也不夠強。除了上述監(jiān)督方式之外，還有一種重要的監(jiān)督方式，即上級行政機關的監(jiān)督。與其他幾種監(jiān)督方式相比，上級行政機關對下級行政機關實施行政許可的監(jiān)督，是更重要、更日常、更具體和更實際有效的監(jiān)督。上級行政機關監(jiān)督檢查的這一特點是由我國行政機關上下級之間的領導體制決定的，對此下一個問題將述及。
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