(一)直接優(yōu)惠
下列船舶免征噸稅：
1．應(yīng)納稅額在人民幣50元以下的船舶；
2．自境外以購(gòu)買、受贈(zèng)、繼承等方式取得船舶所有權(quán)的初次進(jìn)口到港的空載船舶；
3．噸稅執(zhí)照期滿后24小時(shí)內(nèi)不上下客貨的船舶；
4．非機(jī)動(dòng)船舶(不包括非機(jī)動(dòng)駁船)；
5．捕撈、養(yǎng)殖漁船；
6．避難、防疫隔離、修理、終止運(yùn)營(yíng)或者拆解，并不上下客貨的船舶；
7．軍隊(duì)、武裝警察部隊(duì)專用或者征用的船舶；
8．依照法律規(guī)定應(yīng)當(dāng)予以免稅的外國(guó)駐華使領(lǐng)館、國(guó)際組織駐華代表機(jī)構(gòu)及其有關(guān)人員的船舶；
9．國(guó)務(wù)院規(guī)定的其他船舶。
上述5～8項(xiàng)優(yōu)惠，應(yīng)當(dāng)提供海事部門、漁業(yè)船舶管理部門或者衛(wèi)生檢疫部門等部門、機(jī)構(gòu)出具的具有法律效力的證明文件或者使用關(guān)系證明文件，申明免稅理由。
(二)延期優(yōu)惠
應(yīng)稅船舶在進(jìn)入港口辦理入境手續(xù)時(shí)，應(yīng)當(dāng)向海關(guān)申報(bào)納稅領(lǐng)取噸稅執(zhí)照。在噸稅執(zhí)照期限內(nèi)，應(yīng)稅船舶發(fā)生下列情形之一的，海關(guān)按照實(shí)際發(fā)生的天數(shù)批注延長(zhǎng)噸稅執(zhí)照期限：
1．避難、防疫隔離、修理，并不上下客貨；
2．軍隊(duì)、武裝警察部隊(duì)征用。
3．應(yīng)稅船舶因不可抗力在未設(shè)立海關(guān)地點(diǎn)停泊的，船舶負(fù)責(zé)人應(yīng)當(dāng)立即向附近海關(guān)報(bào)告，并在不可抗力原因消除后，向海關(guān)申報(bào)納稅。
上述船舶，應(yīng)當(dāng)提供海事部門、漁業(yè)船舶管理部門或者衛(wèi)生檢疫部門等部門、機(jī)構(gòu)出具的具有法律效力的證明文件或者使用關(guān)系證明文件，申明延長(zhǎng)噸稅執(zhí)照期限的依據(jù)和理由。
四、征收管理
1．征收機(jī)關(guān)噸稅由海關(guān)負(fù)責(zé)征收。
海關(guān)征收噸稅應(yīng)當(dāng)制發(fā)繳款憑證。
2．納稅期限
噸稅納稅義務(wù)發(fā)生時(shí)間為應(yīng)稅船舶進(jìn)入港口的當(dāng)日。
應(yīng)稅船舶在噸稅執(zhí)照期滿后尚未離開港口的，應(yīng)當(dāng)申領(lǐng)新的噸稅執(zhí)照，自上一次執(zhí)照期滿的次日起續(xù)繳噸稅。
應(yīng)稅船舶負(fù)責(zé)人應(yīng)當(dāng)白海關(guān)填發(fā)噸稅繳款憑證之日起15日內(nèi)向指定銀行繳清稅款。未按期繳清稅款的，自滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款0．5‰的滯納金。
3．納稅擔(dān)保
應(yīng)稅船舶到達(dá)港口前，經(jīng)海關(guān)核準(zhǔn)先行申報(bào)并辦結(jié)出入境手續(xù)的，應(yīng)稅船舶負(fù)責(zé)人應(yīng)當(dāng)向海關(guān)提供與其依法履行噸稅繳納義務(wù)相適應(yīng)的擔(dān)保；應(yīng)稅船舶到達(dá)港口后，依照規(guī)定向海關(guān)申報(bào)納稅。下列財(cái)產(chǎn)、權(quán)利可以用于擔(dān)保：
(1)人民幣、可自由兌換貨幣；
(2)匯票、本票、支票、債券、存單；
(3)銀行、非銀行金融機(jī)構(gòu)的保函；
(4)海關(guān)依法認(rèn)可的其他財(cái)產(chǎn)、權(quán)利。
4．領(lǐng)取噸稅執(zhí)照后船舶變化的處理
應(yīng)稅船舶在噸稅執(zhí)照期限內(nèi)，因修理導(dǎo)致凈噸位變化的，噸稅執(zhí)照繼續(xù)有效。應(yīng)稅船舶辦理出入境手續(xù)時(shí)，應(yīng)當(dāng)提供船舶經(jīng)過修理的證明文件。
因船籍改變而導(dǎo)致適用稅率變化的，應(yīng)稅船舶在辦理出入境手續(xù)時(shí)，應(yīng)當(dāng)提供船籍改變的證明文件。
5．執(zhí)照毀損或遺失
噸稅執(zhí)照在期滿前毀損或者遺失的，應(yīng)當(dāng)向原發(fā)照海關(guān)書面申請(qǐng)核發(fā)噸稅執(zhí)照副本，不再補(bǔ)稅。
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